登上前船之魂的女孩叫“艦娘”。來自深海的異形敵人、艦娘，被稱為“深海棲艦”，是唯一能與他們對抗的存在。他們獻身於戰鬥，保衛人民和海洋。但面對深海艦壓倒性的數量優勢，艦娘非死即傷，戰局繼續倒向深海一方。此時，驅逐艦“時雨”被編入新艦隊。這支艦隊被稱為“第一遊擊隊第三部隊”(1YB3H)。但這支艦隊可謂“東拼西湊”:成員只有老舊軍艦“山城”、“扶桑”號、唯一的航空巡洋艦“最上”，以及4艘驅逐
