不久的未來，人類在與病毒性寄生生物“原腸動物”的戰爭中敗北，人們被驅逐至狹窄的領土並懷著恐懼與絕望苟且偷生。居住於東京地區的少年裡見蓮太郎是對抗原腸動物的專家“民警”一員，而他的搭檔藍原延珠則是一位有點早熟女孩子。以特殊能力戰鬥的兩人某天接獲了政府的特別命令，內容則是避免東京毀滅的高度機密任務……
