清朝初期,康熙皇帝尚且年少,奸臣從中控制政權,民不聊生。“天地會”是一個推翻清朝的民間組織。“天地會”首領陳近南(劉松仁飾)在一次行動中幸得韋小寶(周星馳飾)相救,小寶就此加入天地會,被派到王宮當臥底,偷取藏有清朝秘密的四十二章經。聰明機靈的小寶很快便成為了皇上的心腹,做了大官。小寶陷入了兩難的狀態,他既要執行任務卻又跟皇帝成為了好朋友。就在小寶想要逃走之際,師父陳近南也找到了他,並派人監視他回到王宮。不久,小寶便受到了鰲拜同盟以及假太后的追殺,與天地會的人大戰起來。