17年前，一名少女從外太空而來，手上拿著傳動指揮器，並暈到在海灘上。同時， 機獸帝國加魯法亦從宇宙飛來，威脅地球的安全。17年後的一日，剛搬來星見町的小五學生草剃北斗偶然下認識了熟練功夫的出雲銀河， 碰巧有一大群加魯法機械獸，從月球的螺旋城飛來。兩人在逃亡中，突然遇到秘密組織GEAR的傳動戰士電童， 電童與他們產生了感應，並揀選了他們成為駕駛員，在原先的駕駛員維嘉指導下， 他們成功戰勝了加魯法機械獸，從此亦兼負上守護地球的責任。 另一部由加魯法本星直接侵襲地球的黑色傳動戰士凰牙突然來襲，由阿魯提亞駕駛著， 要儲存數據武器，很好維嘉及時阻止，但凰牙將電童帶上月球螺旋城。銀河和北斗好不容易才脫險， 在維嘉協助下取回電童，幸好數據武器獨角金鑽獸出現，北斗儲存了它，並安裝於電童上，成功打敗凰牙。 從美國而來的女子艾利絲，轉校到兩人的學校，同時銀河亦取得環型獅子，回到GEAR總部時， 知道艾利絲是大學畢業，負責分析數據武器的研究人員。艾利絲不慎弄失了兩隻武器，使電童陷入險境， 幸好終於想出辦法，引出所有數據武器，北斗、銀河和阿魯提亞，都分別儲存了它們。阿魯提亞知道電童最大的弱點， 就是使用完終極攻擊後，會消耗所有電力，並將電童擊敗。幸好GEAR發明了替電童更換電池的電池戰士， 由吉良國進駕駛，能夠在作戰中更換電童的電池，使電童戰勝了凰牙。 六件數據武器一旦與擁有它們的人建立了契約，就不會被其他人搶走，但是數據武器會選擇合適的人。 北斗的獨角金鑽獸需要的是「信賴」、閃光火龍需要的是「愛」，銀河的環型獅子需要的是「勇氣」、 機槍野豬需要的是「創造」，而落入阿魯提亞的音速鞭蛇需要的是「自信」、狂暴公牛需要的是「智慧」。 加魯法王的寵物拉可來襲地球，並令獨角金鑽獸和環型獅子中了病毒，為了解毒，銀河和北斗上了月球尋找拉可， 可是仍然來不及，正當兩隻數據武器消失之際，突然來了一鼓新的力量，獨角金鑽獸和環型獅子合體成為超獸王輝刃， 並將拉可消滅。 阿魯提亞駕駛的騎士凰牙再度來襲，並捉走了自己的妹妹維嘉，維嘉亦知道阿魯提亞被消去了記憶。這時北斗也知道自己的母親草剃織繪， 就是GEAR副司令維嘉。阿魯提亞知道了這一點，使北斗和銀河失去鬥志，並解除與數據武器的契約，令所有數據武器都落在阿魯提亞手上。 阿魯提亞在古爾梅的攻擊下回復記憶，協助電童戰鬥，戰勝了古爾梅。螺旋城亦撞向地球，要把地球毀滅， 北斗和銀河分別駕駛凰牙和電童阻止，並粉碎了螺旋城。 加魯法王的「兒子」スバル來到地球，派出機械戰士，並分開電童和凰牙，機械戰士被消滅後， 北斗及凰牙卻被スバル捉去。スバル為北斗洗腦，令他駕駛著凰牙對付電童，就像以前的阿魯提亞。 銀河知道只有他才能令北斗正常，決心打贏他，北斗亦在戰鬥中回覆記憶。 スバル的手下謝羅派出兩隻機械獸對付凰牙，這時ZERO令スバル的機械獸爆炸，想炸死スバル和北斗， 幸好銀河的電童及時救了他們。其後スバル知道自己一直都被利用，於是決定協助北斗他們，對付加魯法。 加魯法要消滅地球，眾人主動上宇宙，與加魯法展開最後一戰。