影片講述了在一個時局動亂,軍閥割據的年代,百姓民不聊生,坊間謠傳詭門十三針是一種神奇的針法,能夠治療各種疑難雜症,主人公赤瞳從小就是孤兒,父母就是被陰病所害,在與蘇哮天結識之後,踏上了用詭門十三針治療陰病的旅程,經歷了一番艱難的鬥爭之後,蘇哮天在與陰病的戰鬥中,不幸離世,赤瞳繼承了蘇哮天的意志,踏上了剷除陰病的路途……