故事發生在德川幕府第二十五代將軍德川慶康統治下的日本，德川家設立了武應學園，並組織了學生會，用以對抗還試圖頑固抵抗的豐臣一派。柳生宗朗（平川大輔 配音）是武應學園的高材生，一天，當他正在道場裡練習時，一位名叫柳生十兵衛（悠木碧 配音）的美少女從天而降，柳生就這樣莫名其妙的多了一個“妹妹”，和十兵衛開始了同居生活。
