有著複雜家庭環境的男主角夏目智春在三年前空難意外倖存後，開始被自稱守護靈的青梅竹馬水無神操緒依憑，在高中開學前搬進了其兄長夏目直貴曾居住過的鬧鬼房屋鳴櫻邸，同日，穿著黑色服裝的美女黑崎朱裡受其兄長之託將銀色手提箱交給了夏目智春，並喚醒了名為“機巧魔神”的謎之兵器。
