平靜的東京灣突然發生海難，當人們還在猜想是否海底火山爆發時，一隻巨大的怪獸冒出水面並登陸城區。日本政府主導成立了“巨大不明生物災害部”，網羅了國家中的奇人異士加盟，研究發現怪獸是受到放射性汙染而誕生出來的，命名為哥斯拉；嘗試了各種辦法均宣告失敗的“災害部”最後不得不決定對哥斯拉採取武裝攻擊。但是這個巨大的怪獸哥斯拉完成了更恐怖的進化，整個東京將要淪為一片人間地獄，一場人類與怪獸的最終決戰即將到來……
