良太開船去找男孩失蹤的哥哥，遇到暴風雨漂流島一座島上，在那島上發現了龍蝦怪獸伊比拉，還有在島上進行一項不為人知計劃的神秘組織紅竹，正巧碰到一位女原住民，通過她的幫助下四人潛入紅竹的基地，竟發現哥斯拉在島上的洞穴中休眠…….
