小行星撞擊地球,主要大地受到名為「忍」(シノビ)的毒害,形成異形攻擊人類,人們只能逃向以前是海底的「海陸」;拯救的方法唯有復活「機神將」(機神將(ギガロード))。約五百年後,亡國「伊勢」的公主巫女雨、與擁有人間兵器「柳生」(ヤギュウ)之血的少年周防二人挺身而出……