三原火山爆發時弄醒了沉睡的哥斯拉,牠為了補充能源,先後襲擊了一艘日本漁船及蘇聯的潛航艦。日本政府反對運用核武,皆因會連累無辜的市民蒙受死傷。於是出動超級火戰機正面跟哥斯拉交鋒。同時,林田博士亦發現了哥斯拉會受一種電波影響,並且會隨它歸巢。因此打算讓哥斯拉隨電波掉進火山口,並且將哥斯拉殲滅。