暑假，小樂去鄉下爺爺家。爺爺的家鄉浙江長興因為靠近長江，河流縱橫，湖泊瀲灩。一天，小樂和隔壁小胖鬧不高興。為了一爭高低，倆人約著去湖邊游泳。在一群小夥伴的歡呼助威中，小胖先游到了目標，用速度證明了他是湖邊長大的孩子。就在其他的小夥伴爭先恐後跳入水中時，從水中游來一隻“水怪”，咬傷了小毛的屁股，把小樂也嚇得半天魂不守舍。 湖裡出現“水怪”，以小毛爸爸為首的村民組織起來，用驅“怪”的迷信方法，沿著湖邊投放一些“水怪”喜歡吃的活鴨、死魚什麼的東西。爺爺是村長。從爺爺阻止村民驅趕“水怪”來看，爺爺似乎知道“水怪”是究竟什麼東西。但無論小樂和表妹英英怎麼問，爺爺也不說。一天，小樂在湖邊的一片樹叢中發現了一些酷似鳥蛋的東西。當偷偷拿回兩隻，和英英一起準備用光照的方法孵化時，爺爺告訴他們，那是鱷魚蛋。 得知是鱷魚蛋，也能孵化出小鱷魚，小樂從網上查到楊子鱷作為國家一級保護動物的資料，在爺爺的幫助下，開始孵化小鱷魚。後來，知道鱷魚是國家珍稀動物的，還有阿榮叔叔和小毛的爸爸長根。阿榮在城裡有個做生意的四哥。聽四哥說，鱷魚皮如果能出現在市面，能賣好價錢。在阿榮的攛掇下，一心想為兒子報仇的長根開始偷捕鱷魚。 儘管有小樂、小胖、英英設法從中阻止，爺爺也出面做長根的工作，讓長根和阿榮不要偷捕鱷魚，但阿榮還是領著他城裡的四哥，捕獲了一隻大鱷。面對鱷魚遭受捕獵的困境，爺爺請來了縣城的專家。縣城專家根據長興的地理環境和氣候特點，決定在爺爺的家鄉尹家邊村投資建設楊子鱷自然保護區。 保護區建設過程中，嚐到第一次偷捕鱷魚甜頭的四哥又指使阿榮活動起來。此時，在爺爺的苦口規勸下，長根認識到偷捕鱷魚是一種犯罪行為，倒是阿榮和他的四哥賊心不死，在一次偷捕一隻鱷魚時，落入法網。一個月之後，楊子鱷養殖基地建成。多年後，爺爺的家鄉浙江長興縣尹家邊楊子鱷自然保護區成為我國野生楊子鱷繁殖生存最為良好的地方，被國家命名為“中國楊子鱷村”，面向世人開放。