《百年南京》由中共南京市委宣傳部、南京廣播電視集團等共同承製。該片總導演由中國兩代紀錄片領軍人物時間、周兵共同擔任。同時,攝製組還力邀南京史學專家張憲文、葉南客、李繼峰,建築名家齊康、周琦,文化學者薛冰等擔任顧問。該紀錄片從2013年6月開始啟動以來,歷時15個月攝作完成。